Исходников микшерного ядра FL Studio я, конечно, не видел, но вероятно все происходит именно так, как описано ниже (по крайней мере, на слух и визуально).

В рамках данной статьи условимся потоками называть стереозвук, идущий куда-либо откуда-либо. Например, с канала секвенсора на канал микшера.

Итак, во фруктах мы имеем два вида источников потоков – каналы (те, что вы можете наблюдать в шаговом секвенсоре) и линейные (микрофонные/гитарные/виртуальные и т.д.) входы звуковых карт. О последних речь можно вести только в случае реальной поддержки вашей звуковой картой системы ASIO.
Как известно, каналами могут являться разные вещи. Это могут быть и встроенные фруктовые синтезаторы вроде 3xOSC, и VSTi- или DXi-инструменты (они же VST-плагины), и отрезки, которые можно вставлять в нижнюю часть плейлиста. Понятно, что все они в соответствии с композицией трека вырабатывают потоки, которые затем как-то смешиваются в микшере.